W 1877 roku Kōsen został wyznaczony opatem Engaku-ji w Kamakurze i zrezygnował z funkcji dyrektora organizowania szkoły rinzai. Jako opat stworzył i rozwinął program dla świeckich buddystów. Równocześnie nieustannie rosła ilość mnichów zostających jego uczniami. W 1881 wybudował w tym klasztorze nowy budynek mnichów. Klasztor był głównym ośrodkiem zenu rinzai w rejonie Kantō i utrzymywał swoją wysoką pozycję.
W ostatnich dekadach życia Kōsen piastował liczne stanowiska i otrzymał wiele zaszczytnych tytułów. Jego charyzma wyniosła go nie tylko na przywódcę szkoły rinzai, ale także stał się rzecznikiem całego buddyzmu japońskiego. Interesował się filozofią europejską. Wykazywał wielką tolerancję dla shintō, konfucjanizmu i taoizmu, jednak uważał, że jedyną religią przynoszącą korzyść Japończykom jest buddyzm. Chrześcijaństwo traktował jako religię obcą i dlatego nie miał do niego przyjacielskiego nastawienia.
Mimo tego, iż nie był całkowicie wolny od efektu długowiecznej izolacji Japonii, można go określić jako "najbardziej postępową postać w okresie pierwszej fazy ery Meiji".
Prace literackie "Muji no uta" - hymn Zenkai ichiran
Linia przekazu Dharmy zen Pierwsza liczba oznacza liczbę pokoleń od Pierwszego Patriarchy chan w Indiach Mahakaśjapy.