Po zakończeniu wojny został z rodziną wysiedlony i powrócił do Warszawy, gdzie znalazł zatrudnienie w PINGW, równocześnie został profesorem kontraktowym w Zakładzie Statystyki SGGW. Równolegle otrzymał stanowisko kierownika Działu Rachunkowości Rolnej na Wydziale Ekonomiki Drobnych Gospodarstw Wiejskich PINGW w Puławach. W 1948 na Wydziale Rolniczo-Leśnym Uniwersytetu Poznańskiego obronił pod prof. Wiktora Franciszka Schramma kierunkiem pracę doktorską. W grudniu 1949 został zwolniony z pracy i aresztowany pod sfingowanymi zarzutami zdrady państwa i działalności przeciwko ustrojowi, w zakładzie karnym spotkał prof. Wiktora Schramma. Wobec braku dowodów obaj zostali pod koniec 1952 zwolnieni, aby móc się utrzymać Wacław Pytkowski pracował chałupniczo jako szewc. Od 1953 wykonywał prace zlecone dla Państwowego Instytutu Melioracyjnego, Polskiego Komitetu Normalizacyjnego i Instytutu Matematycznego Polskiej Akademii Nauk. Po odwilży politycznej w październiku 1956 zezwolono Wacławowi Pytkowskiemu na powrót do pracy na SGGW, rok później ukończył przerwany przewód habilitacyjny i uzyskał na Wydziale Rolniczym poznańskiej Wyższej Szkoły Rolniczej stopień doktora habilitowanego.