W 1958 opuścił SGGW, wyjechał do Poznania, gdzie w Wyższej Szkole Rolniczej otrzymał tytuł docenta i zastępcy kierownika Katedry Ekonomiki i Organizacji Rolnictwa. Po śmierci prof. Witolda Schramma i prof. Mariana Trojanowskiego kierownikiem Katedry został prof. Witold Staniewicz, a Wacław Pytkowski został adiunktem. Dwa lata później Witold Staniewicz przeszedł na emeryturę i jego miejsce zajął Wacław Pytkowski, na stanowisku kierowniczym pracował przez dwanaście lat, kiedy to uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, a rok później profesora zwyczajnego. W 1974 przeszedł na emeryturę, zmarł 4 lipca 1989 w Warszawie.
Dorobek naukowy Prof. Wacław Pytkowski był autorem i współautorem 22 książek oraz 128 prac dotyczących badań naukowych, dydaktyki, organizacji nauki oraz kształcenia. Ponadto przygotowywał liczne referaty naukowe, które prezentował podczas wykładów, sympozjów i konferencji, zarówno w kraju jak i zagranicą. Jako pierwszy wprowadził i zastosował w agroekonometrii rachunek prawdopodobieństwa (teorię rekonstrukcji, przedziały ufności i teorię hipotez statystycznych). Stworzył również teorię tzw. „dendrytu poznańskiego”, który jest podstawą do dalszych badań analitycznych w zakresie grupowania.