Po części było to spowodowane działaniami samych Indian, którzy zmienili bieg strumyków i wycięli lasy ze wzgórz, które wcześniej hamowały spływające wody opadowe.
Wraz ze wzrostem Cahokii, rosło również znaczenie jej elity świeckiej i religijnej. Władcy, chcąc wzmocnić swoją pozycję, wznosili coraz większe budowle oraz rozbudowywali kopiec. Jednakże na początku XIII wieku silne trzęsienie ziemi zniszczyło całą jego zachodnią stronę. Choć miasto nie podniosło się jeszcze po powodzi, rozpoczęto renowację, która jednak nie przyniosła poprawy, gdyż ściana kopca znów się osunęła. Kolejnych napraw już nie podjęto z powodu niepokojów społecznych, które zapanowały w mieście. Około 1350 roku Cahokia prawie całkiem opustoszała.
Osadnictwo europejskie Po 1400 roku miasto przez kilkaset lat było niezamieszkałe. Dopiero w 1735 roku przybyli do niego francuscy misjonarze, którzy w zachodnim krańcu kopca zbudowali kaplicę. W 1752 roku, po blisko dwudziestu latach obecności, zostali zmuszeni do opuszczenia Cahokii z powodu rywalizujących ze sobą miejscowych plemion. W 1776 roku, podczas amerykańskiej wojny o niepodległość, w pobliżu kopca założono faktorię, która przetrwała do 1784 roku.