Ostatecznie został on zarekwirowany w roku 1786 na rzecz austriackiego Funduszu Religijnego, a następnie w okresie między rokiem 1800 a 1803 rozebrany, po czym cegły z rozbiórki wykorzystano do wybudowania muru okalającego cmentarz na Zabłociu, ob. zwany Starym. Ponadto w latach 80. XVIII wieku znacząco przebudowano, odebrany Kościołowi przez władze austriackie dom prepozyta, za sprawą czego stał się obiektem trójskrzydłowym. Zorganizowano w nim następnie mieszkanie kreishauptmana, a także siedzibę władz cyrkułu. mały|lewo|Widok na fragment zaułku przykatedralnego wraz z kamienicą przy pl. Katedralnym 6 ze strychu domu Mikołajowskiego Na początku XIX wieku utworzony został teren współczesnej czworobocznej, południowej części założenia. Wydarzyło się to za sprawą rozbiórki dwóch obiektów będących w bardzo złym stanie technicznym, z których materiały wykorzystano następnie podczas budowy muru cmentarza na Zabłociu. W okresie tym wyburzono ponadto drewniany dworek, widoczny na akwareli Zygmunta Vogla z ok. 1800 roku, ulokowany u zbieg placu i ulicy Katedralnej, a w jego miejscu wzniesiono dwuskrzydłową kamienicę.