Pod koniec wieku XVIII, zgodnie z edyktem cesarza Józefa II z 1784 roku zakazującym grzebania zwłok na przykościelnych cmentarzach w obrębie miast, zlikwidowany został cmentarz przykolegiacki. Nieznana jest dokładna data jego likwidacji, natomiast przypuszczalnie funkcjonował on do końca lat 80. XVIII wieku. Mający go zastąpić nowy cmentarz na Zabłociu (ob. zwany Starym) założono zaś około roku 1790. Pamięć o cmentarzu nie została jednak zatarta wśród lokalnych mieszkańców, którzy jeszcze pod koniec XIX wieku donosili, iż na terenie dawnej nekropolii straszą duchy. mały|lewo|Widok na północną część placu Katedralnego W roku 1795 należące wcześniej do Kościoła obiekty zostały przejęte przez austriackie władze na rzecz Funduszu Religijnego. Przy przejmowaniu budowli, w tym między innymi otaczających kościół, zorganizowano im szczegółową i drobiazgową lustrację oraz wycenę.
Istotnym problemem założenia w XVIII wieku był zlokalizowany w obecnej południowej, czworobocznej jego części, piętrowy i murowany budynek kolegium psałterzystów, będący w katastrofalnym stanie technicznym, którego nikt nie chciał zrewitalizować.