Podczas kolejnego przesłuchania śledczym nie udało się zmusić Aczariana do zeznań. Sąd skazał go na sześć lat pozbawienia wolności. Ostatecznie Hraczia Aczarian spędził w więzieniu niecałe 2 lata i 19 grudnia 1939 został zwolniony „z powodu braku corpus delicti”. Odzyskał także swoją pozycję i prawa, powrócił do pracy na uniwersytecie.
Śmierć thumb|200px|Popiersie Aczariana w Erywaniu Czas od 1950 roku był najbardziej spokojnym w życiu naukowca. Aż do swojej śmierci Aczarian wykładał na uniwersytecie. 16 kwietnia 1953 Aczarian przyszedł na wykład, którym było translatorium języka perskiego, po czym wrócił do domu z biletami do opery dla żony i córki, a następnie odprowadził je do teatru. Kobiety wracając do domu znalazły go w fotelu – miał zamknięte oczy, lewą rękę pod głowę, a w prawej chusteczkę z zawiązanymi trzema węzełkami, co wskazywało, że skończył czytać ostatnią modlitwęLosy geniuszu.Biografia.