Jednak po jakimś czasie ożenił się ponownie, z jedną ze swoich uczennic – Sopiko.

Aresztowanie W 1937 roku rozpoczęła się wielka czystka. Decyzja o zatrzymaniu Aczariana została wydana przez młodszego porucznika KGB 18 września 1937. 29 września 1937 roku naukowiec został aresztowany. Oskarżono go o szpiegostwo i uznano za członka działającej na uniwersytecie kontrrewolucyjnej grupy profesorów. Był przesłuchiwany trzykrotnie. Podczas przesłuchań był bity i zmuszany do podpisania przyznania się do winy. Po kilku dniach został zwolniony z aresztu. Naukowiec pod dyktando oprawcy napisał oświadczenie skierowane do szefa NKWD, w którym przyznał się do wszystkiego, o co był oskarżony. Jego maszyna do pisania używana w pracy naukowej i manuskrypty zostały skonfiskowane, a drzwi pokoi w mieszkaniu zamknięte. Jemu, jego żonie i gospodyni pozwolono pozostać jedynie w samej kuchni. Cenne manuskrypty podlegające konfiskacie i pozostałe w salonie zostały jednak przez żonę naukowca odzyskane (do salonu dostała się, przecisnąwszy się przez niewielkie okno w kuchni). Materiały te zostały ukryte w żelaznej skrzyni i zakopane pod jednym z drzew w ogrodzie brata Sopiko.