Dobudówka wybudowana została przez architekta Dżamhaira na koszt ojca przełożonego Owanesa i książęcej rodziny. Światło dociera do niej poprzez otwór w środku kopuły. Jest to najwcześniejszy znany przykład tego rodzaju konstrukcji, która zawdzięcza swoje początki z ormiańskich mieszkań chłopskich składających się z pokoju z czterema kwadratowymi wolnostojącymi słupami podtrzymującymi dach oraz ze środkowym otworem w dachu umożliwiającym wydostawanie się dymu.
Pomiędzy obydwoma kościołami znajdowało się seminarium Akademii z końca X wieku. To podłużna przestrzeń o sklepieniu wspartym na kolumnach przylegających do ścian kościołów. W XI wieku wykładał tu Grzegorz Magistros (Grigor Magistros Pahlawuni, 985 – 1085) – pisarz, poeta i wielki erudyta, dzięki któremu Sanahin był znany jako ormiański ośrodek neoplatonizmu.