Do 1993 naprzemiennie brał udział w galach organizowanych przez federacje Newborn UWF oraz Fujiwara Gumi po czym odszedł z nich i postanowił założyć wraz z przyjaciółmi Minoru Suzukim i Yusuke Fuke własną federację którą nazwali Pancrase – od antycznego sportu ze starożytnej Grecji pankrationu.
Pancrase Funaki wraz z resztą współzałożycieli tworząc Pancrase mieli w zamyśle połączenie catch-wrestlingu, japońskiego puroresu (odmiany wrestlingu) z dźwigniami, duszeniami oraz niektórymi ciosami w realnej walce. Zasady Pancrase były mieszanką reguł m.in. wrestlingu (np. walka była przerywana i wznawiania gdy zawodnik chwycił się lin) oraz sportów uderzanych (zawodnik zaliczający nokdaun był liczony do dziesięciu). Wprowadzono szereg zakazów i zabronionych akcji m.in. zakaz ciosów w głowę z pozycji stojącej zaciśniętą pięścią, możliwe było tylko zadawanie z otwartej dłoni (nasadą). Pierwsza gala odbyła się 21 września 1993 w Chibie. Wystąpili na niej osobiście Funaki, Suzuki, Fuke oraz m.in. Kazuo Takahashi, zapaśnik ze Stanów Ken Shamrock, karateka Bas Rutten oraz kickbokser Vernon White. Suzuki wraz z Fuke zwyciężyli w swoich pojedynkach poddając szybko swoich rywali ale Funaki nie miał tyle szczęścia i nie poradził sobie z Shamrockiem który poddał go po 6. minutach walki.