Od porażki z Mezgerem i straty tytułu Funaki walczył w kratkę uzyskując bilans od 1998 do 1999 trzech zwycięstw, dwóch porażek i jednego remisu. Wygrywał z mało znanymi zawodnikami, a ulegał m.in. Semmiemu Schiltowi. We wrześniu 1999 ogłosił, że odchodzi z Pancrase jako czynny zawodnik z powodu licznych kontuzji których nabawił się przez lata rywalizacji lecz dał się namówić na jeszcze jedną walkę z brazylijską legendą jiu-jitsu Ricksem Gracie. Funaki uległ pod koniec 13. minuty Brazylijczykowi po czym wycofał się ze startów w sztukach walki.
Powrót do MMA i wrestlingu W 2007 Funaki postanowił wznowić karierę mierząc się z inną gwiazdą japońskiego MMA u schyłku kariery Kazushim Sakuraba na sylwestrowej gali K-1 Premium 2007 Dynamite!! Ostatecznie Funaki przegrał z Sakurabą przez poddanie (kimura). Mimo porażki przez następny rok stoczył jeszcze dwie walki na galach DREAM – przegraną z Kiyoshim Tamurą oraz wygraną z Ikuhisą Minową i ponownie wycofał się z MMA, tym razem na rzecz występów w wrestlingu w All Japan Pro Wrestling. Tamże został mistrzem m.in.