W październiku 1996 Rutten zwakował tytuł mistrzowski nie będąc w stanie go bronić z powodów osobistych. Funaki postanowił zorganizować kolejny turniej którego zwycięzca miał zostać Królem Pancrase. Ostatecznie to Funaki zwyciężył i zdobył upragniony tytuł pokonując 15 grudnia 1996 Jasona DeLucie. Tytuł stracił już w pierwszej obronie na rzecz Yukiego Kondo (27 kwietnia 1997) lecz szybko go odzyskał bo jeszcze w tym samym roku (20 grudnia) pokonując Kondo. Kolejny raz tytuł stracił 26 kwietnia 1998 na rzecz Amerykanina Guya Mezgera. Od 1993 do 1998 był uważany za najlepszego japońskiego zawodnika Pancrase i sportów walki oraz regularnie był umiejscawiany w rankingu amerykańskiej strony internetowej sherdog.com w TOP 5 najlepszych zawodników na świecie. Między 1996 a 1997 ta sama strona uznała Funakiego numerem jeden na świecie.