W 1923 był oficerem zawodowym 4 pułku piechoty Legionów w Kielcach. Z dniem 31 stycznia 1924 został przeniesiony w stan nieczynny na jeden rok, a z dniem 31 stycznia 1925 został przeniesiony do rezerwy.
Od 1 lutego 1924 był zatrudniony w Fabryce Materiałów Wybuchowych „Lignoza” SA w Krywałdzie – na stanowisku inżyniera, a następnie zastępcy dyrektora spółki. W tym samym roku uzyskał tytuł naukowy doktora w dziedzinie chemii na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie pod kierunkiem prof. Stanisława Tołłoczki.
Od 1 kwietnia 1927 sprawował stanowisko naczelnego dyrektora Państwowej Wytwórni Prochu i Materiałów Kruszących w Pionkach (później przemianowana na Państwową Wytwórnię Prochu; do 1932 miasto Pionki istniało pod nazwą Zagożdżon). Dyrektorem technicznym w PWP był Stanisław Dunin-Markiewicz. W czasie kierowania wytwórnią przez Jana Prota zakład został zmodernizowany i rozbudowany, po czym rozwinął się w jedną z największych tego typu fabryk w Europie, przyczynił się do powiększenia samego miasteczka. Powstały filie w Krajowcach i Sarzynie. W wyniku badań nad produkcją celulozy w 1937 Jan Prot otworzył filię PWP pod nazwą Fabryka Celulozy w Niedomicach koło Tarnowa.