W Pionkach działał także społecznie, jako że kierowana przez niego wytwórnia wspierała życie kulturalne, klub sportowy Proch Pionki, budowę domów na spłaty, budowę tamtejszego kościoła św. Barbary (na cześć kierowników fabryki nazwano w nim dzwony „Jan”, „Stanisław” – S. Dunin–Markiewicz i „Zygmunt” – Zygmunt Rakowicz). Funkcję dyrektora Państwowej Wytwórni Prochu pełnił do końca II Rzeczypospolitej w 1939. Ponadto od 1927 do 1939 pełnił funkcję prezesa oddziału Związku Legionistów Polskich. Był autorem przekładu książki pt. „Zasady chemii nieorganicznej” Wilhelma Ostwalda, wydanego w 1932. Został członkiem zarządu Związku Przemysłu Chemicznego. Przed wyborami parlamentarnymi do Sejmu RP w 1935 został mianowany komisarzem wyborczym w okręgu wyborczym nr 32.
Jan Prot wniósł znaczący wkład w rozwój polskiej technologii chemicznej i inżynierii procesowej. 11 listopada 1937 otrzymał Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski „za zasługi na polu przemysłu wojennego” „za zasługi na polu przemysłu wojennego”..