Grupa w tym składzie, już pod skróconą nazwą Santana, zaczął koncertować po San Francisco, gdzie zdobył lokalną popularność.
Muzycy z czasem stworzyli własne unikatowe brzmienie, które uzyskali dzięki mocniejszym partiom basowym i gitarowym riffom oraz wprowadzeniu elementów afro-kubańskich i jazzowych. Zaczęli też pisać własne piosenki i podpisali kontrakt płytowy z wytwórnią Columbia Records. W grudniu 1968 zagrali serię koncertów w hali Fillmore West, które zarejestrowali, ale wydali dopiero w 1997 na albumie pt. Live at the Fillmore '68. Po grudniowych koncertach wzięli udział w sesji nagraniowej w Los Angeles, ale gotowy materiał o roboczym tytule Freeway Jam był dla nich rozczarowujący. Skłócony z resztą muzyków Livingston po powrocie do San Francisco został wyrzucony z zespołu, a jego następcą został perkusista Michael Shrieve. Ostateczny skład zespołu uformował się w maju 1969, kiedy to do grupy wrócił Carabello i dołączył perkusjonalista José „Chepito” Areas.