piastował je od listopada 1795 do lipca 1797 roku. W czasie tych dwóch lat zaprowadził dyscyplinę i porządek we francuskich portach i arsenałach, ponownie zatrudnił oficerów pozwalnianych po wybuchu rewolucji. Pod naciskiem generała Hoche przedstawił Dyrektoriatowi plan inwazji Irlandii, ze wskazaniem na Morarda de Galle jako dowódcę sił morskich. Ta operacja okazała się jednak kompletnym fiaskiem. Zorganizował także i wysłał na Ocean Indyjski eskadrę fregat pod dowództwem Pierre’a de Sercey.
Dokładał starań, by kolonie respektowały dekret o zniesieniu niewolnictwa z 1794 roku i popierał projekt utworzenia college’u dla czarnoskórych i kolorowych dzieci w okolicach Paryża; uczniami tej szkoły byli m.in. synowie Toussainta L’Ouverture, ale w roku 1802 została zamknięta przez kolejnego ministra, Denisa Decrès.
Truguet był również inicjatorem wprowadzenia nowego pakietu pryncypiów taktyki morskiej, co zostało wprowadzone w roku V francuskiego kalendarza rewolucyjnego. Uczynił tym samym wyłom w wyłącznie defensywnym pakiecie z roku 1769. Wprowadził i usystematyzował praktykę włączania do każdej z flot lekkiej eskadry ofensywnej.