Ten pakiet pryncypiów został następnie uzupełniony pakietem roku IX, również inspirowanym przez Trugueta.

W czasie ministerialnych roszad przed przygotowywanym rojalistycznym zamachem stanu 18 Fructidora roku V (4 września 1797) został zastąpiony przez Pelley’ego i nominowany ambasadorem w Hiszpanii. Usunięto go ze sceny politycznej pod pretekstem niewystarczająco szybkiego powrotu do Francji po zakończeniu misji. W rzeczywistości była to zemsta ministra spraw zagranicznych Talleyranda, wobec sprzeciwu dla gier politycznych Talleyranda w Hiszpanii. Udał się na wygnanie do Holandii, gdzie przebywał przez dziewięć miesięcy. Napoleon, po powrocie z Egiptu, zaoferował mu ponowne objęcie teki ministra, ale Truguet odmówił i 20 września 1801 roku został conseiller d’État.

Sporządził dla I konsula cztery meldunki z propozycjami reorganizacji marynarki wojennej i zdecydowanym, odważnym sprzeciwem w sprawie przywrócenia niewolnictwa – republikanizm Trugueta kazał mu uważać równość za jedno fundamentalnych praw. Był chyba jedynym człowiekiem z ówczesnych szczytów władzy, który ośmielił się sprzeciwić Bonapartemu w tej kwestii;