był z tego powodu gwałtownie atakowany przez zwolenników powrotu starych porządków w koloniach i ostro ganiony przez pierwszego konsula. Niemniej jednak w roku 1802 otrzymał dowództwo połączonych sił w Kadyksie oraz tytuł głównego admirała. Eskadry Linois, Gantheaume’a i Bedouta miały przejść pod naczelne dowództwo Trugueta, ale pokój w Amiens spowodował, że admirał wrócił do Paryża.
Cesarstwo Gdy ponownie wybuchła wojna Bonaparte powierzył Truguetowi organizację i dowodzenie floty w Breście; jego okrętem flagowym był „Alexandre”, a następnie „Vengeur”. W 1804 roku, gdy wszyscy skrupulatnie podpisywali się pod „spontaniczną” petycją wyrażającą pragnienie całej floty, by Napoleon otrzymał koronę cesarską (tak samo, jak to uczyniła armia), Truguet – listem, który go rozsławił – publicznie zaprotestował. Kosztowało go to pięć lat niełaski, wraz z utratą wszystkich tytułów i Legii Honorowej.
W roku 1809 cesarz udobruchał się nieco i powierzył mu dowodzenie eskadrą stacjonującą w Rochefort, co miało związek z niszczącym atakiem angielskich branderów podczas rajdu na Île-d’Aix. Rok później Napoleon postawił go na czele dowództwa floty Królestwa Holandii.