Wyparty przez nacierające armie VI koalicji, Truguet był jednym z pierwszych, którzy opuścili cesarza.

Restauracja Burbonów Admirał Truguet wrócił w 1814 roku do Paryża, gdzie Ludwik XVIII postawił go ponownie na czele marynarki i nadał krzyż wielki orderu Legii Honorowej. W czasie stu dni nie otrzymał żadnego przydziału, ani żadnej łaski ze strony Napoleona. Po drugiej restauracji został dowódcą flotylli Brestu i otrzymał rozkaz obrony tamtejszego arsenału przed zakusami nadciągających wojsk okupacyjnych. Wywiązał się z tego zadania doskonale, za co król wynagrodził go krzyżem wielkim orderu Świętego Ludwika, tytułem hrabiowskim i godnością para Francji (5 maja 1819).

Po rewolucji lipcowej Truguet został podniesiony do najwyższej godności Wielkiego Admirała, co było odpowiednikiem Marszałka Francji. Zmarł w wieku 87 lat w roku 1839 w Tulonie.