Powrót do Polski thumb|240px|Grób prof. Stefana Krupki na cmentarzu Bródnowskim(kw. 8N, rząd 6, grób 19) W sierpniu 1957 razem z córką powrócił do Polski, przywiózł ze sobą materiał roślinny, który przekazał do zielnika Zakładu Systematyki i Geografii Roślin Uniwersytetu Warszawskiego. Wkrótce otrzymał propozycję objęcia wakującego stanowiska kierownika Katedry Botaniki Ogólnej Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, został zatrudniony jako profesor kontraktowy i objął etat profesora nadzwyczajnego, w marcu 1958 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Podczas pracy w Poznaniu prowadził wykłady z botaniki ogólnej, anatomii i cytologii roślin oraz embriologii roślin. Z dniem 1 października 1960 został przeniesiony w stan spoczynku, do 1965 prowadził w formie pracy zleconej wykłady z botaniki i cytologii roślin. W 1969 przeprowadził się do Warszawy, gdzie prowadził prace badawcze w Zakładzie Systematyki i Geografii Roślin Uniwersytetu Warszawskiego. Zginął tragicznie 3 listopada 1976.
Od początku działalności należał do Polskiego Towarzystwa Botanicznego (PTB), był sekretarzem Oddziału Warszawskiego i członkiem Komisji Rewizyjnej. Od 1958 do 1965 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego, a następnie przewodniczącego Oddziału Poznańskiego PTB.