W 1943 zmarła żona Stefana Krupki, w lutym 1944 otrzymał zaproszenie od Johnna V.F. Phillipsa z Johannesburga i razem z córką do Unii Południowo-Afrykańskiej. Od marca 1944 pracował w Zakładzie Botaniki Uniwersytetu w Johannesburgu, początkowo był zatrudniony w charakterze prywatnego badacza i otrzymywał jako zapłatę zasiłek polskiego rządu w Londynie, a następnie został etatowym pracownikiem. Pracował kolejno jako demonstrator, pracownik naukowy, wykładowca, a następnie specjalista. Od początku pobytu działał w Zjednoczeniu Osadników Polskich w Afryce Południowej i pełnił funkcję egzaminatora z języka polskiego na egzaminach maturalnych. Po przejściu w 1955 na emeryturę pozostał czynny zawodowo, jako stypendysta Council for Scientific and Industrial Research kontynuował pracę w Zakładzie Botaniki, w tym samym roku został członkiem Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie. W 1956 firma African Explosives and Chemical Industries zatrudniła Stefana Krupko w charakterze kontraktowego pracownika naukowego, którego zadaniem było opracowanie metod zwalczania chwastów.