Następnego lipca Hughes został przeniesiony na „Stirling Castle”, a we wrześniu 1745 na „Marlborough”, na pokładzie którego wrócił 1746 do Anglii. W czerwcu 1747 zamustrował się jako nadliczbowy członek załogi na „Warwick”, by popłynąć do Północnej Ameryki i Indii Zachodnich. Po drodze „Warwick” i towarzyszący mu „Lark” napotkały hiszpański siedemdziesięciodziałowiec „Glorioso”. W wyniku zaciętego starcia, podczas którego „Lark” nie wsparł „Warwicka”, ten ostatni uległ poważnym uszkodzeniom, a „Glorioso” umknął. Dowódca „Larka”, John Crookshanks, został przez sąd wojenny pozbawiony dowództwa za opieszałość. Na jego miejsce 6 lutego 1747 mianowano Hughesa.
Dowódca okrętu Hughes dowodził „Larkiem” do lipca 1750, kiedy okręt został wycofany, a Hughes – przeniesiony na pół pensji. W styczniu 1756 przygotował do służby „Deal Castle”. W lipcu 1757 otrzymał powołanie na „Somerset” (64 działa), z którym dołączył do sił wiceadmirała Holburne'a pod Halifaxem. W 1758 „Somerset” wszedł w skład floty adm. Boscawena podczas zdobycia Louisbourga, a w 1759 – floty adm. Saundersa podczas zdobycia Quebecu. Saunders uczynił z okrętu Hughesa swój okręt flagowy i na nim wyruszył na czele części swej eskadry do Anglii. Gdy dowiedział się o wyjściu francuskiej floty na morze, pospieszył by wesprzeć siły brytyjskie, jednak nim nadciągnął, adm.