Co więcej, minister delegowany nie był uprawniony do samodzielnego wydawania wyroków, lecz wszystkie sprawy musiał przedstawiać Kongregacji Świętego Oficjum w Rzymie i oczekiwać na jej decyzje.
Minister delegowany był zawsze biskupem lub arcybiskupem którejś z południowowłoskich diecezji. Dużą rolę w trybunale inkwizycyjnym odgrywał też nuncjusz apostolski w Neapolu. W latach 1656–1659 urzędy nuncjusza i ministra delegowanego były połączone unią personalną.
Archiwum i statystyki Archiwum trybunału inkwizycji neapolitańskiej w przeważającej mierze zachowało się do czasów współczesnych i jest przechowywane w Archivio Arcivescovile di Napoli. Na podstawie zachowanej dokumentacji odtworzono częściowe statystyki dotyczące liczby procesów. Najwcześniejszy, sporządzony w latach 70. XX wieku inwentarz archiwalny zawierał rejestr zaledwie 3038 podejrzanych sądzonych przez ten trybunał w latach 1564–1740. Inwentarz ten zawiera jednak sporo luk, gdyż często nie wymienia wszystkich podejrzanych występujących w poszczególnych sprawach. W 2003 sporządzony został nowy inwentarz, obejmujący wprawdzie okres tylko od 1549 do 1647, ale zawierający rejestr aż 4390 podejrzanych z tego okresu.