47% z nich było sądzonych w procesach formalnych, 13% osądzono w ramach procedury skróconej, a pozostałe 40% to denuncjacje i inne zarejestrowane informacje, które nie doprowadziły do formalnego oskarżenia podejrzanego.
W końcowym okresie działalności (1721–1748) trybunał neapolitański rozpatrzył 1902 sprawy, z czego tylko 52 przybrało postać procesów formalnych.
Udokumentowanych jest co najmniej sześć egzekucji z wyroku neapolitańskiej inkwizycji. 4 marca 1564 w Neapolu spaleni zostali dwaj włoscy protestanci Gianfrancesco Alois i Giovanni Bernardino Gargano. Cztery dalsze egzekucje odbyły się za urzędowania ministra delegowanego Antonio Ricciulo (1633–1643) i dotyczyły osób skazanych za sprawowanie mszy świętej mimo braku święceń kapłańskich.
Inkwizytorzy neapolitańscy Komisarze Świętego Oficjum w Neapolu Scipione Rebiba, wikariusz archidiecezji Neapolu i bp Motuli (1553–1555) Giulio Pavesi OP, wikariusz archidiecezji Neapolu, do 1558 bp Viesti, następnie abp Sorrento (1555–1562) Giovanni Luigi Campagna, wikariusz archidiecezji Neapolu i bp Montepeloso (1562–1564) Giulio Antonio Santori, wikariusz archidiecezji Neapolu (1564–1566) Pietro Dusina, wikariusz archidiecezji Neapolu (1571–1574)