Każdorazowo po zdobyciu tysiąca postać odblokowuje punkt umiejętności, który może przeznaczyć na nauczenie się nowej zdolności albo rozwinięcie już odblokowanej. Liczba odblokowanych umiejętności przekłada się na ogólny poziom gracza. Także wrogowie opisywani są poziomami doświadczenia, co przekłada się na to, jak trudni do pokonania są dla bliźniąt. Bez względu na poziom przeciwnika może on zostać jednak wyeliminowany za pomocą skrytobójstwa.
System walki został zmieniony względem Assassin’s Creed: Unity, koncentruje się on na tworzeniu łańcuchów szybkich ataków oraz bloków. Zmiany wprowadzono także w mechanice skradania, m.in. poprzez dodanie nowych gadżetów oraz możliwości brania przeciwników na zakładników, co umożliwia grywalnej postaci pozostanie niezauważoną dla wrogów, o ile trzyma się od nich w odpowiedniej odległości. W Syndicate powracają wprowadzone w poprzedniej odsłonie misje o schemacie nazwanym przez twórców „czarną skrzynką”, dające możliwość wyeliminowania celów w wyszukany sposób, wprowadzono także „filmowe zabójstwa”, odblokowywane po spełnieniu określonych warunków. Podczas eksploracji otwartego świata postacie mogą korzystać m.in.