Liczbę mieszkańców zwiększyć można poprzez przyjmowanie ludzi z pustkowi lub dopasowywanie do siebie dwóch osób przeciwnej płci celem spłodzenia potomstwa.
Ważnym aspektem gry jest odpowiednie zbalansowanie podstawowych surowców (żywności, wody i energii), żeby pozwalały one zasilać wszystkie wybudowane pomieszczenia oraz wyżywić wszystkich mieszkańców. W krypcie zbudować można wiele rodzajów pomieszczeń, wytwarzających inne dobra bądź zapewniających zróżnicowane premie. W przeciwieństwie do wielu innych gier opartych na modelu free-to-play, w Fallout Shelter niewymagane jest uiszczanie opłat za przyspieszenie długotrwałych akcji. Produkcję w pomieszczeniach można przyspieszyć za darmo, jednak zawsze wiąże się to z ryzykiem katastrof, takich jak pożar czy inwazja radrakanów, do opanowania których można przydzielić mieszkańców. Od czasu do czasu gracze nagradzani są pudełkami śniadaniowymi zawierającymi nagrody, takie jak przedmioty, zasoby czy dodatkowe postacie. Pudełka śniadaniowe można zakupić również poprzez mikrotranskacje.