Gdy Nathan zaczyna wprowadzać swoje plany w czyn, Jodie z towarzyszami rusza w pogoni za nim do wnętrza Czarnego Słońca.
W efekcie pełnej niebezpieczeństw wędrówki do wnętrza Czarnego Słońca, Jodie w pojedynkę konfrontuje się z Nathanem. Ten popełnia samobójstwo, by złączyć się ze swoją rodziną. Jodie podczas dezaktywacji kondensatora doświadcza wizji, według której Aiden jest jej zmarłym w trakcie porodu bratem bliźniakiem. Pozostaje przed nią dokonanie wyboru: albo wraca do świata żywych, albo udaje się do Infrawymiaru, by połączyć się ze wszystkimi, których straciła.
Rozgrywka Beyond: Dwie dusze to gra przygodowa z elementami zręcznościowymi, w której gracz przejmuje kontrolę nad postacią i za jej pośrednictwem wchodzi w interakcję z elementami otoczenia i innymi postaciami sterowanymi przez komputer, dzięki czemu fabuła jest kontynuowana. Główną postacią sterowaną przez gracza jest Jodie, jednakże często możliwa jest zmiana kontrolowanej postaci na Aidena. Aiden z racji swej bezcielesności może swobodnie przenikać przez ściany, stropy i inne materialne przeszkody, jednak jest on ograniczony do ruchu tylko w określonym promieniu wokół Jodie ze względu na łączącą ich duchową więź.