Prowadził badania w zakresie geoinformatyki, hydroakustyki i technologii satelitarnych, jego dorobek obejmuje ponad 250 pozycji, w tym dwie monografie. Jego dorobek naukowy obejmuje 2 monografie naukowe, rozdziały w monografiach, ponad 250 oryginalnych publikacji, 8 patentów i ponad 30 projektów badawczych i wdrożeniowych. Wypromował 7 doktorów nauk technicznych, z których dwóch uzyskało stopień doktora habilitowanego, a jeden osiągnął stanowisko profesora PG.
Był członkiem Komitetu Akustyki Polskiej Akademii Nauk, ekspertem Organizacji ds. Wyżywienia i Rolnictwa Narodów Zjednoczonych FAO, europejskim wiceprezydentem Komitetu Bezpieczeństwa Narodowego organizacji IEEE oraz redaktorem we wiodącym europejskim czasopiśmie naukowym „A. Acustica”. Był również profesorem wizytującym na 4 uniwersytetach zagranicznych w USA, Kanadzie, Turcji i Indonezji.
Profesor Stepnowski prowadził też współpracę z otoczeniem gospodarczym, m.in. był założycielem, a następnie przewodniczącym Rady Nadzorczej firmy C-Map Poland – krajowego pioniera w sektorze geoinformatycznym (od roku 2007 funkcjonującej jako jedna z największych z sektora IT w regionie Pomorskim firma Jeppesen Poland – będąca częścią korporacji Boeing).