Stockton ogłosił swoją emeryturę, wydając oświadczenie zamiast zwyczajowej konferencji prasowej. Jazz zorganizował mu później ceremonię odejścia, podczas której władze miasta Salt Lake City zmieniły nazwę ulicy przed frontem hali Delta Center, gdzie gra zespół Jazz, na „John Stockton Drive”, aby oddać honor jego osiągnięciom. Numer 12, z którym grał Stockton, został wycofany przez Utah Jazz podczas meczu 22 listopada 2004. Stockton razem z całą rodziną mieszka w rodzinnym mieście Spokane. Przed halą Delta Center stoi jego pomnik.
W 1996 znalazł się na liście 50 najlepszych koszykarzy w historii NBA ogłoszonej z okazji 50 lecia ligi, w 2009 zaś został członkiem Koszykarskiej Galerii Sław.
Osiągnięcia Na podstawie, o ile nie zaznaczono inaczej. NCAA Koszykarz roku konferencji West Coast (1984) Zaliczony do Akademickiej Galerii Sław Koszykówki (2017) Drużyna Gonzaga Bulldogs zastrzegła należący do niego numer 12