Z zachowanych częściowo rejestrów finansowych wynika, że w skład okręgu podporządkowanego inkwizytorowi Ferrary wchodziły diecezje Ferrary, Modeny i Reggio Emilia, a więc ziemie, które od końca XIII wieku podlegały władzy seniorów z dynastii Este, którzy w 1452 uzyskali tytuł książęcy. Wiadomo, że w pierwszej i drugiej dekadzie XIV wieku wielu miejscowych Żydów nawróconych na chrześcijaństwo zostało ukaranych karami pieniężnymi przez inkwizycję za powrót do judaizmu.
Inkwizycja w Ferrarze zachowała bliskie więzi z inkwizycją z Bolonii. Zdarzało się, że oba trybunały były łączone unią personalną. W 1468 spod jurysdykcji inkwizytorów Ferrary wyłączono diecezję Reggio Emilia, którą oddano pod jurysdykcję inkwizytora Parmy.
Pod koniec XV wieku działalność inkwizycji w okręgu Ferrary pozostawała na bardzo niskim poziomie. W latach 1481–1514 funkcję inkwizytora pełnił tam protegowany dworu książęcego Giovanni Rafanelli, który po nominacji w 1503 na urząd Mistrza Świętego Pałacu rezydował na stałe w Kurii Rzymskiej. W 1514 na życzenie pary książęcej sprawowanie urzędu inkwizycji w okręgu Ferrary zostało odebrane dominikanom z prowincji Lombardii Dolnej i przekazane dominikanom ze zreformowanej (obserwanckiej) Kongregacji Lombardzkiej (od 1531 prowincji Obojga Lombardii).