Pierwszym obserwanckim inkwizytorem Ferrary został Antonio Beccari. Jego nominacja przyczyniła się do intensyfikacji działań inkwizycji. W latach 1517–1523 wikariusze Beccarii dla diecezji Modeny przeprowadzili ponad dwadzieścia procesów o czary. Następca Beccarii, Paolo Butigella, w 1530 został generałem zakonu dominikanów.
Za panowania księcia Ercole II d’Este (1534–1559) Ferrara i Modena stały się ośrodkami włoskiej reformacji. Protektorką zwolenników reformacji była zwłaszcza żona księcia, księżna Renata de Valois. Ferrarę odwiedzało wielu propagatorów nowych idei religijnych, m.in. Jan Kalwin (1536), nie będąc niepokojonymi przez władze. Sytuacja religijna w księstwie Este szybko zwróciła więc uwagę utworzonej w 1542 rzymskiej Kongregacji Świętego Oficjum, będącej najwyższym trybunałem inkwizycyjnym. Mianowany w 1548 inkwizytor Ferrary Girolamo Papini był blisko związany z dworem książęcym, wobec czego Kongregacja zdecydowała się na wysłanie do Ferrary własnych komisarzy (jednym z nich był dominikanin Michele Ghislieri, późniejszy papież Pius V). Pod ich naciskiem książę Ercole zgodził się na egzekucję dwójki spośród czołowych włoskich protestantów, Fanino Faniniego (1550) i Giorgio Rioli (1551).