W 1554 roku księżna Renata oficjalnie złożyła ortodoksyjne wyznanie wiary i wyrzekła się herezji protestanckiej, a trzy lata później zmarł łagodny inkwizytor Papini i Rzym zastąpił go bardziej energicznym Camillo Campeggio. Za jego urzędowania represje wobec protestantów w Ferrarze i Modenie osiągnęły apogeum. Między 1568 a 1570 w Ferrarze czterech protestantów spalono na stosie.
W 1563 przywrócono jurysdykcję inkwizytora Ferrary nad okręgiem Reggio Emilia, a w 1564 rozszerzono ją także na diecezję Comacchio. Tym samym inkwizytor Ferrary uzyskał jurysdykcję nad całym terytorium księstwa Este i nosił odtąd tytuł „inkwizytora generalnego wszystkich domen księstwa Este”.
Po śmierci Alfonsa II Este w 1597 papież Klemens VIII dokonał aneksji Ferrary, stolicy księstwa Este, gdyż nie miało ono prawowitych następców, a okręg Ferrary z prawnego punktu widzenia był lennem papiestwa. Nieślubny syn Alfonsa, Cezar d’Este, utrzymał władzę nad okręgami Modeny i Reggio nell'Emilia, które należały do Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Aneksja Ferrary spowodowała także zmiany w strukturach inkwizycji w domenie rodu Este. 14 marca 1598 rzymska Kongregacja Świętego Oficjum zarządziła, że dotychczasowe wikariaty trybunału w Ferrarze, tj.