Modena i Reggio nell'Emilia, zostały wyłączone spod jurysdykcji inkwizytora Ferrary i przekształcone w samodzielne trybunały inkwizycyjne. Odtąd trybunał w Ferrarze został zredukowany do rangi trybunału jednej z odległych prowincji Państwa Kościelnego.
Późniejsza historia trybunału w Ferrarze jest mało znana, gdyż jego archiwum niemal w całości zaginęło. W 1796 północną Italię najechały wojska rewolucyjnej Francji. Francuzi zajęli Ferrarę latem tego roku i pod ich egidą powstał lokalny rząd rewolucyjny (Amministrazione Centrale del Ferrarese), który 22 października 1796 wydał zarządzenie o zlikwidowaniu trybunału inkwizycji i konfiskacie jego majątku. Po upadku Napoleona i odbudowie Państwa Kościelnego w 1815 działalność trybunału w Ferrarze nie została już wznowiona.
Organizacja Siedzibą trybunału był konwent S. Domenico w Ferrarze. Inkwizytorem od 1514 był zawsze dominikanin z obserwanckiej prowincji Obojga Lombardii (wcześniej z konwentualnej prowincji Lombardii Dolnej). Jego jurysdykcji podlegały diecezje Ferrary i Comacchio. W siedzibie trybunału wspomagał go wikariusz generalny, a na prowincji – wikariusze rejonowi. Inkwizytorowi podlegało także Bractwo Świętego Krzyża (crocesignati), czyli świecka konfraternia, której zadaniem było materialne wspomaganie inkwizycji.