Wraz ze wzrostem prac wykopaliskowych pod koniec XIX wieku powołano Komisję Archeologiczną, która miała podnieść poziom wykonywanych prac archeologicznych. Ze względu na trudności lokalowe, kolekcje muzeum w początkowych latach działalności były udostępnione jedynie specjalistom. Otwarcie pierwszej wystawy szerszej publiczności nastąpiło w 1882 roku. Analogicznie, Niemcy zakładali podobne stowarzyszenia mające na celu podkreślanie niemieckiego charakteru ziem poznańskich. Głównym miejscem przechowywania niemieckich zbiorów archeologicznych stało się Muzeum Cesarza Fryderyka, mieszące się w gmachu dzisiejszego Muzeum Narodowego w Poznaniu.
Dwudziestolecie międzywojenne oraz II wojna światowa Po odzyskaniu niepodległości, Muzeum Cesarza Fryderyka przeszło w polskie ręce i zostało przekształcone w Muzeum Wielkopolskie. W latach 1923 i 1924 nastąpiło połączenie Muzeum Wielkopolskiego i Muzeum im. Mielżyńskich. Po połączeniu zbiorów muzealnych, kolekcja zabytków stała się największa w tej części Europy. Działalność archeologiczna Muzeum Wielkopolskiego w dwudziestoleciu międzywojennym była szeroka. Prowadzono wiele prac wykopaliskowych, organizowano wystawy stałe oraz czasowe, udało się także stworzyć bogatą bibliotekę archeologiczną i zgromadzić spore archiwalia.