Ponadto muzeum podejmowało współpracę z różnymi europejskimi oraz amerykańskimi instytucjami związanymi z archeologią. Po wybuchu II wojny światowej władze okupacyjne reaktywowały Muzeum Cesarza Fryderyka. W 1940 roku zbiory archeologiczne wyłączono z reaktywowanego muzeum i przekazano utworzonemu Krajowemu Urzędowi Prahistorii. Polityka historyczna władz okupacyjnych spowodowała, że działania archeologiczne były prowadzone w Wielkopolsce praktycznie przez cały okres okupacji niemieckiej.
Okres po 1945 roku thumb|left|200px|Hol Muzeum Archeologicznego Po drugiej wojnie światowej, mimo wielu trudności, w stosunkowo krótkim czasie udało się reaktywować w dużej mierze muzeum poznańskie, które otrzymało nazwę Muzeum Prehistorycznego. Usunięto większość zniszczeń wojennych oraz odzyskano dużą część wywiezionych zbiorów. Muzeum zajmowało się głównie archeologią pradziejową i wczesnośredniowieczną. Organizowano badania archeologiczne, gromadzono literaturę, wydawano czasopisma oraz organizowano wystawy. Ważną rolę odgrywały objazdowe wystawy czasowe, docierające do małych wielkopolskich miasteczek. Muzeum z biegiem czasu rozbudowywało się o kolejne działy i pracownie techniczne. W 1949 roku Muzeum Prehistoryczne zostało przemianowane na Muzeum Archeologiczne.