Do obecnej siedziby, która mieści się w Pałacu Górków, przeniosło się w 1954 roku. Sam gmach został częściowo zniszczony w czasie wojny, a jego odbudowa ciągnęła się do 1968 roku. Muzeum przez cały okres PRL-u kontynuowało i poszerzało zakres realizowanych projektów. W drugiej połowie lat 60. Lech Krzyżaniak, późniejszy dyrektor, wziął udział w badaniach archeologicznych na terenie Egiptu, początkując tym samym zainteresowanie muzeum archeologią śródziemnomorską. Pojawiły się odtąd wystawy przybliżające zwiedzającym między innymi cywilizacje afrykańskie.
Dyrektorzy Józef Kostrzewski (1949–1958) Bogdan Kostrzewski (1958–1968) Włodzimierz Błaszczyk (1969–1981) Lech Krzyżaniak (1982–2004) Marek Chłodnicki (2004–2007) Marzena Szmyt (od 2007)
Dorobek działalności muzeum thumb|220px|Widok na gmach od strony Ulicy Wodnej Muzeum poznańskie zainteresowane było początkowo głównie pradziejami w Wielkopolsce. Pierwsze wykopaliska na tym terenie były prowadzone przez archeologów-amatorów. Zabytki oraz opracowania pierwszych wykopalisk w dużym stopniu zostały pozyskane przez Towarzystwo Przyjaciół Nauk Poznańskie, które z biegiem lat przekształciło się w Muzeum Archeologiczne. Towarzystwo Przyjaciół Nauk organizowało także badania wykopaliskowe z własnego ramienia.