Pierwszym polskim profesjonalnym archeologiem w Wielkopolsce był Józef Kostrzewski, uchodzący za ojca polskiej archeologii. Był on współzałożycielem powstałego w 1919 roku Uniwersytetu Poznańskiego, późniejszego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza, a także inicjatorem wielu przedsięwzięć archeologicznych w Wielkopolsce i Poznaniu. Między innymi dzięki niemu pracownicy muzeum, oraz sama instytucja, pełni do dzisiaj ważną rolę w organizacji badań archeologicznych na terenie Polski oraz w basenie Morza Śródziemnego.
Poza prowadzeniem wykopalisk archeologicznych, Muzeum Archeologiczne prowadzi także szeroką działalność mającą na celu ochronę dziedzictwa archeologicznego. W ostatnich latach działalności Dział Ochrony Zabytków prowadzi projekty z wykorzystaniem technik komputerowych. Są to między innymi: tworzenie baz danych zabytków archeologicznych w oparciu o program MuzArp, prowadzenie strony internetowej Muzeum Archeologicznego, publikacje archeologiczne na nośnikach cyfrowych. thumb|left|200px|Obelisk Ramzesa II na dziedzińcu Muzeum Archeologicznego Dla szerokiej publiczności Muzeum Archeologiczne znane jest przede wszystkim z prowadzenia działalności edukacyjnej i wystawienniczej. Za pierwszą wystawę zabytków archeologicznych uznaje się ekspozycje otwartą w 1882 roku w gmachu przy ulicy Mielżyńskiego.