Po utworzeniu Instytutu Pamięci Narodowej został pierwszym dyrektorem oddziału IPN w Krakowie. 21 września 2005 Kolegium IPN rekomendowało jego kandydaturę Sejmowi na stanowisko prezesa tej instytucji. 9 grudnia tego samego roku jego kandydatura została zaakceptowana przez Sejm (większością 332 głosów), a 22 grudnia zatwierdzona przez Senat. Pięcioletnią kadencję rozpoczął po złożeniu przed Sejmem ślubowania w dniu 29 grudnia 2005.
Należał do Polskiego Towarzystwa Historycznego, Polskiego Towarzystwa Heraldycznego oraz Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Przemyślu.
thumb|Grób Janusza Kurtyki Zginął 10 kwietnia 2010 w wyniku katastrofy polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. 15 kwietnia 2010 w Przemyślu odbył się marsz pamięci ku jego czci. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 23 kwietnia 2010 w Krakowie. Msza odprawiona została w Kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła, następnie Janusz Kurtyka został pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu Rakowickim (kwatera: LXIXPASB, rząd: 1, miejsce: 10). 20 marca 2012 na polecenie prokuratora prokuratury wojskowej prowadzącego śledztwo w sprawie katastrofy w Smoleńsku przeprowadzono ekshumację jego ciała.