26 marca 2012 na cmentarzu Rakowickim odbył się ponowny pogrzeb Janusza Kurtyki.
Życie prywatne Rodzicami Janusza Kurtyki byli, pochodzący z Radłowa: Stanisław (1930–1967), absolwent Akademii Górniczo-Hutniczej, inżynier w przedsiębiorstwie Elektroprojekt oraz Stanisława z domu Jasek (ur. 1932), zatrudniona w administracji przedsiębiorstwa Transbud w Nowej Hucie. Młodszym synem małżonków jest Andrzej. Kurtyka wychowywał się w Nowej Hucie. Od 1983 był żonaty z Zuzanną z domu Wypasek, lekarką. Mieli dwóch synów: Pawła i Krzysztofa.
W kwietniu 2009 w mediach został opublikowany list, który Krzysztof Hejke skierował do prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego, jednocześnie przesyłając jego kopię do Marszałka Sejmu (Bronisław Komorowski) i do Kolegium IPN. Przekazał w nim głowie państwa informacje o tym, że jego żona Katarzyna Gójska-Hejke została uwiedziona przez prezesa IPN, Janusza Kurtykę, który miał jej przekazywać tajne dokumenty z IPN, wykorzystywane przez nią następnie do tworzenia artykułów prasowych na temat lustracji i publikowanych w „Gazecie Polskiej”. W tej sprawie śledztwo podjęła Prokuratura Okręgowa Warszawa-Praga. W listopadzie 2009 prokuratura umorzyła śledztwo w sprawie domniemanego ujawnienia lub też bezprawnego wykorzystania tajemnicy państwowej przez prezesa IPN, J. Kurtykę.