Tam blisko zaznajomił się z kilkoma członkami starszymi o 6, 7 lat.
Kiedy kolekcja ornitologicznych okazów Cory’ego urosła do 19 tysięcy stała się zbyt duża, by mógł pomieścić ją w domu; przekazał zbiory do Muzeum Historii Naturalnej w Chicago i otrzymał posadę kustosza sekcji ornitologicznej. Edward E. Ayer w 1894 zakupił należący do Cory’ego zbiór 600 pozycji z zakresu ornitologii i również przekazał do muzeum. W 1886 odbył podróż na Kubę; odwiedził także m.in. Meksyk. Cory, który wskutek odziedziczenia fortuny po ojcu stał się niemal milionerem, stracił cały dobytek w 1906 i do końca życia pracował jako kustosz.
Cory napisał wiele książek, m.in. The Birds of Haiti and San Domingo (1885), The Birds of the West Indies (1889) oraz The Birds of Illinois and Wisconsin (1909). Jego ostatnim wielkim dziełem było czterotomowe wydanie Catalogue of the Birds of the Americas, które po śmierci Cory’ego dokończył Carl Eduard Hellmayr.
Cory był pierwszym badaczem, który opisał burzyka dużego (Calonectris borealis;