Piotrowski karę odbywał w kilkunastu więzieniach (m.in. Areszt Śledczy w Warszawie-Mokotowie, Zakład Karny w Sieradzu). W latach 90. sądy odmawiały mu wyjścia na warunkowe przedterminowe zwolnienie. W 1994 r. Wydział Penitencjarny Sądu Wojewódzkiego w Lublinie ze względu na złą sytuację materialną jego rodziny zezwolił na przedterminowe opuszczenie zakładu karnego (w okresie tym pomagał żonie prowadzić agencję turystyczną oraz pod zmienionym nazwiskiem udzielał korepetycji z matematyki), po czym po kilku miesiącach, w 1995 r. (po uznaniu przez SN rewizji nadzwyczajnej ministra sprawiedliwości Włodzimierza Cimoszewicza), sąd zdecydował, że ma wrócić do więzienia. Został skierowany do zakładu karnego w Opolu, gdzie przebywał do zakończenia kary.
Odbywanie kary zakończył 16 sierpnia 2001 r. Przekonany o swojej niewinności, aż 19 razy występował o przedterminowe zwolnienieRoman Kotliński, Księga Jonasza, Wydawnictwo NINIWA Łódź 2005, s.100.. Piotrowski odsiedział (z przerwami na przepustki) 10 lat. 4 października 2002 r. został kolejny raz skazany przez Sąd Rejonowy w Łodzi na 8 miesięcy pozbawienia wolności (zmienione w 2003 r. przez Sąd Okręgowy w Łodzi na karę grzywny), za znieważanie sądów i sędziów w wywiadzie telewizyjnym udzielonym przy okazji konferencji promującej antyklerykalny tygodnik „Fakty i Mity” w 2000 r..