Śledztwo, wyrok Sądu Wojewódzkiego, amnestia Śledztwo poprzedzające proces toruński trwało 51 dni. Rozprawa rozpoczęła się 27 grudnia 1984 r. i trwała do 7 lutego 1985 r.. Wyrokiem Sądu Wojewódzkiego w Toruniu z 7 lutego 1985 r. został skazany za zabójstwo księdza Popiełuszki na karę 25 lat pozbawienia wolności (prokurator domagał się uznania Grzegorza Piotrowskiego winnym i wymierzenia mu kary śmierci, a ponadto pozbawienia prawa publicznych na zawsze). Od wyroku Sądu Wojewódzkiego w Toruniu obrońca oskarżonego Piotrowskiego wniósł rewizję. Wyrok skazujący Piotrowskiego i pozostałych sprawców zbrodni uprawomocnił się 22 kwietnia 1985 r.. Sąd Najwyższy zgodził się ze stanowiskiem Sądu Wojewódzkiego, który wskazał, że zamiar, jak i decyzja pozbawienia życia ks. Popiełuszki zapadły w chwili, kiedy żaden ze sprawców przed wrzuceniem do wody nie sprawdził, czy on jeszcze żyje. 17 grudnia 1987 r. w drodze amnestii, karę zmniejszono mu do 15 lat pozbawienia wolności co wzbudziło niezadowolenie opinii publicznej. Profesor nauk prawnych, karnistka Krystyna Daszkiewicz wskazała na naruszenie litery prawa przy łagodzeniu kary oskarżonemu.
Odbywanie kary