Pod koniec sezonu Kanté udało się zanotować 175 odbiorów (31 więcej niż jakikolwiek inny gracz) i zaliczyć 157 skutecznych interwencji (15 więcej niż jakikolwiek inny gracz), uzupełniając statystyki obronne pod koniec sezonu 2015-16.
Kanté był jednym z kluczowych członków zespołu, który opuścił klub latem 2016 roku. Jego odejście było głównym czynnikiem w ostrym spadku formy Leicester w sezonie 2016/2017, ponieważ klub nie był w stanie znaleźć równie dobrego pomocnika, który byłby w stanie go zastąpić.
Chelsea 16 lipca 2016 Kanté dołączył do Chelsea za kwotę 32 mln funtów. Podpisał 5-letnią umowę i otrzymał numer 7 na koszulce. 16 sierpnia zadebiutował przeciwko West Hamowi United, pomagając drużynie odnieść zwycięstwo 2-1. 23 października zdobył pierwszą bramkę dla The Blues w wygranym 4-0 meczu z Manchesterem United. 13 marca strzelił drugą bramkę, tym razem w ćwierćfinale Pucharu Anglii, gdzie rywalem także były Czerwone Diabły. 20 kwietnia znalazł się w jedenastce sezonu Premier League po raz drugi z rzędu. Ponadto został graczem roku w Anglii, a także najlepszym piłkarzem sezonu Premier League. Wraz z Chelsea sięgnął po tytuł mistrzowski, oraz zagrał w finale Pucharu Anglii.