Natychmiast po objęciu obowiązków administratora diecezji chełmskiej przez Jana Kalińskiego, niechętnego polityce rosyjskiej wobec diecezji chełmskiej, Wójcicki znalazł się w konflikcie z nim i w grudniu 1863 został suspendowany. Cofnięcie tej decyzji uzyskał dzięki naciskom, jakie wywarł na Kalińskiego gubernator lubelski (swojego wsparcia odmówił mu natomiast prawosławny biskup warszawski Joannicjusz) w roku następnym. Nie uzyskał jednak zgody na powrót do konsystorza ani do kapituły chełmskiejJ. Lewandowski, Na pograniczu, s. 84-85..
Gdy władze rosyjskie zesłały Jana Kalińskiego do Wiatki, zarząd diecezji chełmskiej znalazł się w rękach Wójcickiego. Według Włodzimierza Osadczego był on całkowicie lojalny wobec władz rosyjskich, by ukryć swoje polskie pochodzenie. Wójcicki wspólnie z ks. Pyłypem Diaczanem opracował listę duchownych unickich z Galicji, którzy mogliby przybyć na Chełmszczyznę i pomóc w likwidacji uniiW. Osadczy, Święta Ruś, s. 213-215.. W czasie zarządzania przez niego diecezją wprowadzone zostały pierwsze zmiany liturgiczne, eliminujące z nabożeństw elementy pochodzenia łacińskiego. Wójcicki uczynił również językiem obowiązującym w dokumentach diecezji język rosyjski, chociaż sam posługiwał się nim słaboJ. Lewandowski, Na pograniczu, s. 99..