W 1969 Syria i Irak zawarły porozumienie wojskowe, które okazało się jednak krótkotrwałe.
Zasadniczej zmiany w stosunkach obu państw nie przyniósł kolejny zamach stanu w Syrii, po którym pełnię władzy w tym kraju objął dotychczasowy minister obrony, baasista Hafiz al-Asad. Syria i Egipt nie konsultowały z Irakiem swoich planów nowej wojny z Izraelem. Syria i Irak wsparły również różne strony konfliktu podczas wojny domowej w Libanie. Do chwilowej poprawy relacji doszło, gdy prezydent Egiptu Anwar as-Sadat zreorientował kierunek polityki zagranicznej swojego państwa i podjął rozmowy pokojowe z Izraelem. Syryjsko-iracki projekt integracji obu krajów upadł jednak w atmosferze wzajemnych oskarżeń. Gdy władzę w Iraku przejął Saddam Husajn, wielokrotnie oskarżał syryjską partię Baas o spiskowanie przeciwko jej irackiemu odpowiednikowi. W wojnie iracko-irańskiej Syria poparła Iran, następnie potępiła agresję Iraku przeciwko Kuwejtowi i poparła międzynarodową koalicję antyiracką podczas wojny w Zatoce Perskiej.