Do poprawy stosunków syryjsko-irackich doszło w końcu lat 90. XX w. Oba państwa nawiązały wymianę handlową, która trwała aż do inwazji Stanów Zjednoczonych na Irak. Większość broni zakupionej nielegalnie przez obłożony sankcjami Irak pochodziła z Syrii. Obawiając się, że autorytarny rząd w Damaszku mógłby być kolejnym celem amerykańskiego ataku, Syria z jednej strony włączyła się do poszukiwań zbiegłych działaczy rządu Saddama Husajna, z drugiej jednak przyzwalała na przekraczanie iracko-syryjskiej granicy przez bojowników udających się do Iraku, by walczyć z Amerykanami. W listopadzie 2006 Syria i Irak wznowiły stosunki dyplomatyczne, gdyż rząd Baszszara al-Asada uznał, że w interesie Damaszku jest utrzymanie się państwa irackiego i jego stabilność. Relacje między krajami były przez kilka lat bardzo dobre, następnie jednak pogorszyły się ponownie. Irak zarzucał Syrii działanie na niekorzyść nowego rządu powstałego po upadku Saddama Husajna; w Syrii schronienie znalazło wielu dawnych działaczy irackiej partii Baas.