right|260px| Jagiellonia Białystok w sezonie 2008/2009 przystąpiła do rozgrywek piłkarskiej Ekstraklasy, Pucharu Polski (od 1/16) oraz Pucharu Ekstraklasy. Klub rozgrywa swoje mecze na Stadionie Miejskim, o pojemności około 10000 kibiców.
I poziom rozgrywkowy Od czerwca 2008 roku zespół trenuje Michał Probierz, drużyna pod jego wodzą w porównaniu do zeszłego sezonu poprawiła swoją grę oraz pozycję w lidze. Skład zespołu zasiliła grupa nowych zawodników, na czele z powracającym do Białegostoku Tomaszem Frankowskim. Wyróżniającymi się graczami byli Zawistowski, Cionek, Król, Grosicki. Zespół zajął dość dobrą 8. pozycję w lidze.
W trakcie sezonu okazało się, że decyzją władz PZPN-u Jagiellonia zostanie zdegradowana po sezonie za udział w aferze korupcyjnej. Klub odwołał się od tej decyzji i 29 kwietnia uchwalono, że zespół wystąpi w ekstraklasie, ale z 10 ujemnymi punktami, co zapowiadało walkę o utrzymanie.
Puchar Polski Jagiellonia szybko zakończyła rozgrywki w Pucharze Polski przegrywając w 1/16 (na wyjeździe) z Ruchem Zdzieszowice 3:1.