Puchar Ekstraklasy Jagiellonia znalazła się w mocnej grupie D, gdzie rywalizowała z Legią Warszawa, Polonią Warszawa oraz ŁKS Łódź. W PE występowali często zawodnicy z drugiego szeregu, Jagiellonia miała dobry początek, ale ostatecznie zajęła 3. miejsce w grupie i odpadła z dalszej rywalizacji.
Końcowa tabela Ekstraklasy Drużyna Bramki Uwagi1 Wisła Kraków (m) 30 19 7 4 5321+32 64 El. do Ligi Mistrzów2 Legia Warszawa 30 18 7 5 5217+35 61 LE - IIrun.3 Lech Poznań 30 16 11 3 5124+27 59 LE - IIIrun.4 Polonia Warszawa (b) 30 15 9 6 4023+17 54 LE - Irun.5 GKS Bełchatów 30 17 3 10 4028+12 546 Śląsk Wrocław (b) 30 11 12 7 4034+6 457 Polonia Bytom 30 10 5 15 3046-16 358 Jagiellonia Białystok 30 9 7 14 2834-6 349 Ruch Chorzów 30 9 7 14 2232-10 3410 Piast Gliwice (b) 30 9 6 15 1726-9 3311 Lechia Gdańsk (b) 30 9 5 16 3044-14 3212 Odra Wodzisław Śląski 30 8 8 14 2340-17 3213 Arka Gdynia (b) 30 7 9 14 2739-12 3014 Cracovia 30 7 9 14 2440-16 3015 Górnik Zabrze 30 7 8 15 2033-13 29 Spadek do I ligi16 ŁKS Łódź* 30 10 5 15 2743-16 35 ŁKS Łódź nie otrzymał licencji na grę w Ekstraklasie w przyszłym roku. Decyzją PZPN drużyna została przesunięta na ostatnią pozycję.