Kiedy pierwsze niemieckie, wojskowe, zaszyfrowane przy pomocy Enigmy wiadomości zostały nadane przez radio 15 lipca 1928, niemiecka sekcja Biura Szyfrów bezskutecznie próbowała je odszyfrować. Prawdopodobnie ze względu na sukcesy najlepszych polskich matematyków w łamaniu rosyjskich szyfrów podczas wojny polsko-bolszewickiej, w Uniwersytecie Poznańskim w 1929 roku został przeprowadzony tajny kurs kryptografii dla wybranych matematyków znających język niemiecki. Trzej uczestnicy kursu – Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski – zostali trzy lata później zatrudnieni przez Biuro Szyfrów.
Pokorny był trzecią osobą wykładającą na kursie, po inżynierze Antonim Palluthu i kapitanie Maksymilianie Ciężkim.
Na czele 54 pułku piechoty walczył w kampanii wrześniowej 1939 roku, między innymi w bitwie pod Iłżą, a od 14 września sprawował obowiązki dowódcy odcinka południowego obrony Kowla i dowódcy grupy piechoty w składzie Grupy „Kowel”. 19 października 1939 r. przekroczył granicę pod Zölle, następnie przez Budapeszt, Jugosławię, Włochy, Szwajcarię i Francję trafił na Wyspy Brytyjskie.