W latach 1940–1941 był dowódcą 13 batalionu kadrowego strzelców w Maffat, a następnie komendantem kursów oficerskich, szefem Wydziału Wyszkolenia Sztabu Naczelnego Wodza i dowódcą batalionu szkolnego Jednostek Wojska w Wielkiej Brytanii. Później pełnił służbę w Dowództwie Jednostek Wojska w Wielkiej Brytanii na stanowisku kwatermistrza, a następnie w dowództwie I Korpusu na stanowisku szefa Administracji Personalnej. W latach 1945–1947 był szefem Komisji Likwidacyjnej I Korpusu. Po zakończeniu prac Komisji pozostał na emigracji. Zamieszkał w Edynburgu. Był długoletnim członkiem Koła Stowarzyszenia Polskich Kombatantów nr 25, Koła Żołnierzy I Korpusu Wojska Polskiego i Oddziałów Pozadywizyjnych oraz Chóru Polskiego „Echo”.
Zmarł 22 listopada 1966 roku. Został pochowany na cmentarzu Mount Vernon w Edynburgu.
W 2015 roku Bogusław Wołoszański nakręcił 4-odcinkowy cykl "Sensacje XX wieku- Enigma". Postać Franciszka Pokornego zagrał w nim aktor Wojciech Błach.